Fallberichte lassen vermuten, dass Modafinil schwere angeborene Fehlbildungen verursachen kann; ein charakteristisches Missbildungsmuster ist bislang nicht erkennbar. Modafinil darf deshalb in der Schwangerschaft nicht verwendet werden; Frauen im gebärfähigen Alter, die einer Behandlung mit Modafinil bedürfen, müssen eine zuverlässige Verhütung durchführen, wobei zu beachten ist, dass Modafinil Zytochrome induzieren und die Wirkung von oralen Kontrazeptiva vermindern kann.

In Deutschland veröffentlichter «Rote-Hand-Brief»: Modafinil: Mögliches Risiko schwerer angeborener Fehlbildungen