Auch Fingolimod kann eine progressive multifokale Leukoenzephalopathie (PML) verursachen. Die amerikanische Arzneimittelbehörde FDA hat eine entsprechende Warnung publiziert: mindestens ein sicherer Fall und ein wahrscheinlicher Fall von PML sind bei Personen aufgetreten, die wegen einer Multiplen Sklerose Fingolimod erhielten, jedoch bis dahin keine immunsuppressive Therapie erhalten hatten. Ein weiterer PML-Fall unter Fingolimod wurde schon 2013 rapportiert, wobei der Zusammenhang mit dem Medikament unsicher blieb, weil die entsprechende Person schon vor Fingolimod eine immunsuppressive Medikation erhalten hatte.